ユーザーガイドでは、下記の.htaccessをrootに配置するだけで解決できそうなのですが、
RewriteEngine on RewriteCond $1 !^(index\.php|images|robots\.txt) RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]
さくらのレンタルサーバでは、上手くいかず下記の.htaccessの内容で動きました。
RewriteEngine On RewriteBase / RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f RewriteRule ^(.*)$ index.php?__PATH_INFO__=$1 [L,QSA]
私はここまでで、問題なく動作が確認できましたが、環境によっては更に↓リンクの対処を行わなくてはいけないようです。
さくらのレンタルサーバでの CodeIgniter の .htaccess 設定 – A Day in Serenity @ Kenji